Sammenligning av miljø-DNA deteksjon med qPCR og ddPCR
Deteksjon av miljø-DNA med fra marine invasive arter kan gjøres ved bruk av ‘quantitative Polymerase Chain Reaction’ (qPCR) og ved bruk av ‘droplet digital Polymerase Chain Reaction’. Her sammenlignes disse to plattformene for 17 vidt forskjellige organismer, og viser at ddPCR gir høyere presisjon og kan redusere arbeidstiden for analyse av prøver.
Om prosjektet
Påvisning av miljø-DNA (forkortet eDNA) kan gjøres med blant annet qPCR og ddPCR. ddPCR for påvisning av DNA fra virus eller bakterier i humanpatologiske studier har vist seg å være mer nøyaktig sammenlignet med qPCR-basert deteksjon av eDNA. I denne studien er målet å belyse om en slik økt presisjon også gjelder for påvisning av eDNA fra marine fremmede arter. Her analyseres de samme 48 ekstraksjonene av eDNA fra filtervannsprøver innsamlet i 2021 med både qPCR og ddPCR for tilstedeværelse av 17 ulike fremmede marine arter. Det konkluderes med at for de sjeldne marine NIS-artene har ddPCR-plattformen en bedre sjanse til å oppdage svært lave nivåer av eDNA. For 17 av 19 testede artsspesifikke deteksjonssystemer på ddPCR-plattformen var eDNA-deteksjonen like nøyaktig som på qPCR-plattformen hvis det var tilstrekkelig høye nivåer av eDNA til stede i vannprøven. Ved lave nivåer av eDNA var ddPCR-plattformen bedre til å vurdere usikkerheten i eDNA-konsentrasjonen enn qPCR. Med redusert arbeidstid for oppsett av ddPCR sammenlignet med qPCR, anbefales det å bruke ddPCR for fremtidig overvåking av eDNA fra marine invaderende arter for å oppnå bedre presisjon og redusere arbeidstiden.