SAFIPO: Sammenligning av filterporestørrelser for artsspesifikk overvåkning av miljø-DNA i marine vannprøver
Kan nye filtertyper gi bedre resultater i miljø-DNA-overvåking? I SAFIPO-prosjektet undersøker forskere om alternative filter og porestørrelser kan bidra til bedre overvåking av miljø-DNA.
Om prosjektet
For overvåking av miljø-DNA fra fremmede arter i danske farvann er det ennå ikke testet ulike filtertypers evne til å oppsamle miljø-DNA. Det er mulig at andre porestørrelser kan bidra til bedre overvåking av miljø-DNA. Ved å teste ti ulike filtertyper i flere replikater sammenlignes vannprøver filtrert fra Helsingørs Øresundsakvarium. Alle filterprøvene er analysert på samme måte med samme ekstraksjon og samme oppsett av digital droplet Polymerase Chain Reaction. Dette for å undersøke om det vil være fordelaktig å bytte til en annen filtertype.
SAFIPO-prosjektet utføres for den danske Miljøstyrelsen for å belyse om det kan være en fordel å bytte til andre filtertyper med andre porestørrelser i forbindelse med overvåkingen av miljø-DNA som har blitt utført under MONIS-prosjektene («Overvåking av ikke-hjemmehørende arter») på vannprøver som er samlet inn i danske farvann. MONIS-prosjektene omfatter miljø-DNA-overvåking som utføres under det danske NOVANA-programmet.
I løpet av de siste ti årene har overvåking av marine arter ved hjelp av påvisning av miljø-DNA i vannprøver blitt gjennomført over hele verden. De fleste prosjektene fokuserer på å påvise alt miljø-DNA i en vannprøve fra mange ulike organismer innenfor en definert taksonomisk gruppe, gjennom det som også kalles «eDNA-metabarcoding». I MONIS-prosjektene har fokuset i stedet vært på å påvise noen få, spesifikke arter som regnes som fremmede i danske farvann.
Tidligere studier som har forsøkt å sammenligne ulike filtertypers evne til å holde på miljø-DNA, har vært basert på å forbedre diversitetsprofilen som kan oppnås ved eDNA-metabarcoding. Fordi MONIS-prosjektene i stedet fokuserer på noen få, utvalgte, spesifikke arter, er det ikke nødvendigvis slik at de filtertypene og porestørrelsene som fungerer best for eDNA-metabarcoding, også er de beste for spesifikk overvåking av enkeltarters miljø-DNA i danske farvann.
Formålet med forsøket er derfor å belyse om det kan være fordeler ved å bruke andre filtertyper enn det som har vært brukt i MONIS-prosjektene så langt, i forhold til de ulike filtertypenes og porestørrelsenes evne til å holde tilbake miljø-DNA fra enkeltarter. For å gjøre denne sammenligningen av filtertyper så ensartet som mulig, og uten påvirkning av andre faktorer enn filterporestørrelse og type filtermembran, er denne sammenligningen av filterenheter utført på vann hentet fra Øresundsakvariet i Helsingør, der det finnes et tilsvarende antall individer av ulike arter.
Vann fra samme akvarium kan da filtreres med samme pumpesystem, og den påfølgende laboratoriedelen utføres på samme måte for alle prøvene. I laboratoriet kan man så telle antall miljø-DNA-molekyler per liter filtrert vann og sammenligne de ulike filtertypene. Ved å teste flere ulike deteksjonssystemer rettet mot både fisk og virvelløse dyr i akvariet, kan de ulike filterenhetenes evne til å holde tilbake miljø-DNA-molekyler sammenlignes på tvers av ulike arter.